Change language Change to English
Illustreeriv pilt
Tartu Ülikool
Taimeökoloogia töögrupp
dehaze

M. Öpik (maarja.opik@ut.ee)

Inimtegevus on maailma loodust, eriti elurikkust ja looduse hüvesid kahjustanud ohtlikul määral (vt rohkem). Seega on oluline teada, milline on mulla elurikkus, sh krohmseente elurikkus, erineva inimmõjuga kasvukohtades. Teema võimaldab bakalaureustöö tasemel referatiivse töö koostamist või magistritöö tasemel vaatlus- või katseandmete kogumist vastavalt kokkuleppele juhendajaga. Oma andmete kogumisel kaasneb krohmseente elurikkuse määramine DNA-põhiste meetoditega.

Mükoriisaseened on soodus viis vähendada väetis- ning mürkkemikaalide kasutust põllumajanduses (krohmseened), suurendada puuseemikute elujõulisust metsanduses (ektomükoriisaseened), kiirendada ökosüsteemide taastamist jne. Ometi on sellel ka varjupool, kui kasutatakse seeni, mis ei kuulu kohalikku elustikku (vt rohkem /kättesaadav ülikooli arvutivõrgu kaudu/). Teema võimaldab bakalaureustöö tasemel referatiivse töö koostamist või magistritöö tasemel inokulaatide testimist (püsivus substraadis, sisu vastavus pakendil lubatule, jmt). Inokulaatide testimine sisaldab krohmseente elurikkuse määramist DNA-põhiste meetoditega.

Krohmseente (arbuskulaarset mükoriisat moodustavate seente) kasutamine põllumajanduses on säästlik viis vähendada väetis- ning mürkkemikaalide kasutust, säilitades saagikust. Krohmseente vähem uuritud roll on peremeestaimede patogeenikindluse suurenemine. Koostöös Eesti Maaülikooliga saab kasutada katsesüsteeme, mida testitakse kultuurtaime ja nt viiruspatogeeni uurimiseks, ja selgitada, kuidas saab kasutada krohmseeni taimede patogeenikindluse parandamiseks. Teema võimaldab bakalaureustöö tasemel referatiivse töö koostamist või magistritöö tasemel iseseisvat katsete läbiviimist.

T. Vahter (tanel.vahter@ut.ee)

Antud teemal on käimas suur välikatse arbuskulaar-mükoriisaseente (AM) rakendamiseks liigirikaste puisniitude ja loopealsete taastamisel (vt katse ülevaadet esitlusest).

Tudengil on võimalus kaasa lüüa mitmetes erinevates teemavaldkondades, vastavalt isiklikele huvidele ja  eelistustele. Näiteks on võimalik rakendada Tartu Ülikoolis esmakordselt mulla marker-rasvhapete analüütilist määramist, mille kaudu saame kirjeldada seente, bakterite ja muude mullarganismide biomassi katsealadel ning hinnata AM-seentega inokuleerimise mõjusid. Katse raames on võimalik keskenduda ka taimeökoloogilistele küsimustele, lüües kaasa taimkatte inventuuridel ning andmeanalüüsis. Samuti on plaanis rakendada molekulaarseid meetodeid AM seente määramiseks mullast, mis annab võimaluse tutvuda uusimate meetoditega nii laboris kui bioinformaatikas. Teemaplokk on sobilik nii bakalaureuseastme tudengitele kui ka magistrantidele – küsimustest puudu ei ole ning leiame vastavalt huvidele ja vajadustele sobiva lahenduse.


Kaasaegne intensiivne põllumajandus mõjutab tugevalt mullaelustikku ning sellega kaasnevaid funktsioone, näiteks leostumisprotsesse, erosiooni, toiteaineteringlust ning toiteainete omastamist taimede poolt. Eestis on ligi miljon hektarit põllumajandusmaad, mille seisundi hindamine toimub praegu vaid mõne üksiku füüsikalis-keemilise parameetri põhjal (pH, N, P, K, OrgC). Mulla elusosa, mis füüsikalis-keemilisi näitajaid reguleerib, on jäänud suuresti tähelepanuta. Vajadus kiire ning efektiivse analüütilise meetodi järele mulla elusosa seisundi hindamiseks on suur ning siin saame meie midagi ära teha. Mulla marker-rasvhapete analüüs võimaldab hinnata erinevate organismirühmade biomassi mullas, nende omavahelised osakaalud aga annavad aimdust mullas aset leidvatest protsessidest. Rasvhapetel põhineva mulla bioloogilise indikaatori mudeli väljatöötamises on võimalus kaasa lüüa ka tudengil. Töö hõlmab endas proovialade valikut, laboratoorseid analüüse rasvhapete määramiseks kromatograafiliselt, mudeli koostamist ja valideerimist ning andmeanalüüsi. Teema sobib pigem magistrandile, kuid huvi korral leiame sobiva lähenemise ka bakalaureuseastmele.

Kuidas mõjutab viljelusviiside valik mullaelustiku erinevaid troofilisi tasandeid, alustades bakteritest ning Prog SoilMan PartnersWithLogo MapEuropelõpetades vihmaussidega? Kas kündmine on kasulik või kahjulik tegevus? Kas orgaanilised väetised on ikkagi paremad kui mineraalsed? Nendele küsimustele otsime vastuseid rahvusvahelises koostööprojektis, kus kogutakse andmeid viiest Euroopa riigist. Seotud on spetsialistid nii vihmausside, nematoodide, valgeliimuklaste, mükoriisaseente, kui ka bakterite alalt. Tudengil on võimalus kaasa lüüa viljelusviiside mõjude hindamises organismideüleselt või spetsiifilisemalt, keskendudes näiteks mükoriisaseentele. Teema sobib nii bakalaureuse kui magistritaseme tudengile. Vt projekti kodulehte 

I. Hiiesalu (inga.hiiesalu@ut.ee)

Minu peamisteks uurimissuundadeks on koosluseökoloogia ja iseäranis see, mis toimub maa all. Uurin sümbiootiliste seente ja nende peremeestaimede liigirikkust pikki kõrgusvööndeid ning püüan selgitada, millised abiootilised ja biootilised tegurid liigirikkuse mustreid mõjutavad. Minu uurimisalad paiknevad ariidse Himaalaja mäestiku loodeosas, mis on justkui looduslik laboratoorium ning kus on võimalik katta kõrgusvahemik 2000-6000 m üle merepinna. On hämmastav, et taimed on võimelised kasvama väga ekstreemsetes kõrgmäestiku tingimustes ning olulist rolli kõrgmäestiku taimede kohastumises ja sealsete taimekoosluste kujunemises võivad mängida just seened. Oma uuringutes kasutan laia valikut erinevaid meetodeid, alates molekulaarsetest  mikroskopeerimiseni. Tudengil on võimalus osaleda näiteks kõrgmäestike muldades leiduva mikrobioota koosseisu välja selgitamisel, uurida selle mõjusid taimedele ja nende kohastumusele ning välja selgitada eri organismirühmade funktsionaalsed omadused stressiga toimetulekul. Pakun välja kaks teemat:

Bakalaureuse taseme lõputööks sobiv teema, mida avada kirjanduse ülevaatena sellest, kuidas erinevad taimede ja nendega seotud mulla mikroogranismide (mükoriisaseened, endofüüdid, bakterid) liigirikkkuse mustrid pikki kõrgusgradienti, tuues näiteid olulisematest kõrgmäestikest Euroopas, Aasias, Lõuna-Ameerikas jne. Soovi korral on võimalik lisaks teha oma andmete analüüs määrates Himaalaja taimede juurte mükoriisaseente ja endofüütide kolonisatsiooni mikroskoobi abil.

Siiani on ekstreemsete keskkondade taimedega seotud mikrobioomi kohta vähe teada, kuid juuresisesed mükoriissed ja endofüütsed seened võivad mängida olulist rolli taimede kohastumuses ja levimises kõrgmäestiku tingimustes. Antud magistritööteema võimaldab analüüsida unikaalset Himaalaja kõrgmäestikust kogutud juurematerjali, kasutades nii molekulaarseid, bioinformaatilisi kui statistilisi meetodeid juuresiseste seenekoosluste määramiseks.

S-K. Sepp (siimsepp@ut.ee)

AM seened on ülitähtis organismirühm, mis elab sümbioosis ca 80%-ga maismaataimedest. Arbuskulaarne mükoriisa - taime ja AM seene vaheline kooselu -, mille väljakujunemist peetakse taimede maismaa vallutamise Taimede ja AM seente vaheline võrgustikeelduseks, on eksisteerinud üle 460 miljoni aasta. Samas on AM seeneliike kirjeldatud vaid 300 ringis. Lisaks sellele pole AM seentel mitte kunagi täheldatud sugulisi protsesse (välja arvatud mõned geneetilised vihjed sellele). Kuidas on võimalik, et nii laialt levinud organismirühm on nii pika evolutsioonilise aja jooksul jäänud niivõrd kitsaks? Samuti on leitud, et olenemata nii suurest partnerite mitmekesisuse vahest, võivad taimpartnerid eelistada mingitel põhjustel mingeid AM seeneliike. Nii AM seente seksuaalsuse kui partnerispetsiifilisuse kohta on viimasel ajal kogunemas uuringuid, mille koondamine oleks huvitav ning annaks potentsiaalsele bakalaureusetudengile ka hea aluse põhjalikumaks tööks magistrantuuris.